La Quinzaine change d'équipe avec l'arrivée de Marie-Pierre Macia nommée déléguée générale par la S.R.F. La section Cinémas en france disparaît et les films français sont réintégrés dans la Quinzaine des Réalisateurs. Dans la préface du catalogue 1999, elle écrit : « Mon ambition pour la Quinzaine est de préserver un esprit de liberté et les moyens nécessaires à sa vocation de tête chercheuse ».
La sélection 1999 est très remarquée, avec notamment Voyages, d'Emmanuel Finkiel, qui remporte le prix de la Jeunesse à Cannes, le César du meilleur premier film et le prix du Masque et de la Plume de France-Inter), The Blair Witch Project, qui bénéficie dans la foulée d'un succès international, ou Agnes Browne d'Anjelica Huston.
Sans oublier d'autres films, venus des quatre coins du monde : du Bhoutan (La coupe de Khyentse Norbu), du Japon (M/other de Nobuhiro Suwa), du Chili (El entusiasmo de Ricardo Larraín)...